สำนักงานสรรพากรภาค 3 ตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2539 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมสรรพากร กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2538 เป็น 1 ใน 3 ภาค ที่รับผิดชอบพื้นที่ในเขตกรุงเทพมหานคร โดยรับผิดชอบสำนักงานสรรพากรพื้นที่กรุงเทพมหานคร 12 - 16 และสำนักงานสรรพากรพื้นที่สาขา 19 สาขา ประกอบด้วยเขตบางรัก ยานนาวา สาทร บางคอแหลม ตลิ่งชัน ภาษีเจริญ บางพลัด บางแค หนองแขม จอมทอง ราษฎร์บูรณะ บางขุนเทียน บางกอกน้อย บางกอกใหญ่ ธนบุรี คลองสาน

สำนักงานสรรพากรภาค 3 มีหน้าที่และความร้บผิดชอบเกี่ยวกับการวางแผนการจัดเก็บภาษี การเร่งรัดภาษีอากรค้าง การสำรวจ การตรวจสอบภาษี การตรวจปฏิบัติการและการคืนภาษี กำกับดูแลการปฏิบัติงานของสำนักงานสรรพากรพื้นที่กรุงเทพมหานคร 12-16 และสำนักสรรพากรสาขา 19 สาขา ให้เป็นไปตามมาตรฐาน ติดตามและประเมินผลการจัดเก็บภาษี การเร่งรัดภาษีอากรค้าง การตรวจปฏิบัติการและการคืนภาษีของหน่วยงานจัดเก็บภาษีในท้องที่เปรียบเทียบกับเป้าหมาย ดำเนินการแก้ไขปรับปรุงระบบงานของสำนักงานสรรพากรพื้นที่กรุงเทพมหานคร การให้การสนับสนุนและคำปรึกษาด้านกฎหมาย การดำเนินคดีภาษีอากรและระเบียบปฏิบัติที่ส่วนกลางได้กำหนดไว้ชัดเจนแล้ว ดำเนินการพิจารณาอุทธรณ์ภาษีอากร บริหารงานบุคคล งบประมาณ และพัสดุครุภัณฑ์ในท้องที่ประสานงานกับกรมสรรพากรในการแก้ไข ปรับปรุงเพิ่มเติมระเบียบและแนวทางปฏิบัติและข้อกฎหมาย