กว่าจะมาเป็นอาคารสรรพากร เลขที่ ๘๗๘ ถนนกาญจนวนิชย์ ตำบลหาดใหญ่ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา ซึ่งเดิมสำนักงานสรรพากรภาค ๑๒ ได้ใช้ศาลากลางจังหวัดสงขลา เป็นสถานที่ปฏิบัติราชการ ต่อมาอัตรากำลังเจ้าหน้าที่เพิ่มขึ้นทำให้สถานที่ปฏิบัติราชการคับแคบ จึงได้เช่าอาคารทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์ใช้เป็นสถานที่ปฏิบัติราชการ ตั้งแต่ปี พ.ศ. ๒๕๓๓-๒๕๓๗ รวมเป็นระยะเวลา 5 ปี หลังจากนั้นกรมสรรพากรได้จัดสรรงบประมาณเพื่อก่อสร้างอาคารรวมกับกรมการปกครองตั้งอยู่ ถนนลูกเสือ อำเภอเมือง จังหวัดสงขลา เพื่อใช้เป็นสถาน ที่ปฏิบัติราชการ ร่วมกับสำนักงานสรรพากรจังหวัดสงขลา ตั้งแต่เดือนมิถุนายน ๒๕๓๗ ถึงวันที่ ๑๗ พฤศจิกายน ๒๕๔๒ กระทรวงการคลัง ได้ประมูลอาคาร ๕ ชั้น เลขที่ ๘๗๘ ถนนกาญจนวนิชย์ ตำบลหาดใหญ่ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา จาก ปรส. ซึ่งอาคารดังกล่าวมีขนาดพื้นที่ใช้สอย ๙,๘๐๔.๔ ตารางเมตร ตั้งอยู่บนที่ดินเนื้อที่จำนวน ๓ ไร่ ๔๓.๙ ตารางวา

ดังนั้น สำนักงานสรรพากรพื้นที่สงขลา ๒ จึงย้ายเข้าอยู่ปฏิบัติงานอาคารดังกล่าวตั้งแต่วันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๔๒ ส่วนสำนักงานสรรพากรภาค ๑๒ ได้ย้ายเข้ามาและปฏิบัติราชการวันที่ ๑๘ พฤศจิกายน ๒๕๔๒ เป็นต้นมาและเพื่อเป็นศิริมงคลสร้างขวัญแก่ผู้ปฏิบัติงานจึงได้กำหนดพิธีเปิดอาคารสำนักงานดังกล่าวอย่างเป็นทางการ โดยท่านอธิบดีกรมสรรพากรคือ ร.อ.สุชาติ เชาว์วิศิษฐ เป็นประธานในพิธี เมื่อวันที่ ๒๐ มกราคม ๒๕๔๓

สำหรับสำนักงานสรรพากรพื้นที่สงขลา ๒ เดิมก่อนปี พ.ศ. ๒๕๒๗ เป็นสำนักงานสรรพากรเขตพื้นที่หาดใหญ่ มีสรรพากรเขตพื้นที่ ๒ ท่าน คือ ร้อยตรีคีรี ณิชยกุล ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ ๑๗ กันยายน ๒๕๒๗ - ๑ ตุลาคม ๒๕๒๙ และนางสาวเฉลิมศรี เวชสาร ๒ ตุลาคม ๒๕๒๙ - ๒๒ กันยายน ๒๕๓๒

กระทั่งปี ๒๕๓๒ ได้เปลี่ยนจากสำนักงานสรรพากรเขตพื้นที่หาดใหญ่ เป็นสำนักงานสรรพากรเขตพื้นที่ ๑๐ โดยมีผู้ดำรงตำแหน่ง ๓ ท่านคือ (๑) นางสาวเฉลิมศรี เวชสาร ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ ๒๓ กันยายน ๒๕๓๒ - ๓๐ กันยายน ๒๕๓๗ (๒) นายอภิชาติ เขียวละออ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ ๑ ตุลาคม ๒๕๒๙ - ๒ ตุลาคม ๒๕๓๘ (๓) นายประยูร คล้ายแก้ว ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ ๙ พฤศจิกายน ๒๕๓๘ - ๖ สิงหาคม ๒๕๓๙

ปี พ.ศ. ๒๕๓๙ ได้เปลี่ยนจากสำนักงานสรรพากรเขตพื้นที่ ๑๐ เป็นสำนักงานสรรพากรจังหวัดสงขลา (สาขา) โดยมีผู้ดำรงตำแหน่ง ๓ ท่าน คือ (๑) นางจรัสศรี ศรีมณี ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ ๗ กันยายน ๒๕๓๙ - ๒๑ ตุลาคม ๒๕๔๒ (๒) นายรังสรรค์ ศรีวรศาสตร์ ดำรงตำแหน่งตั้งแต่วันที่ ๒๒ ตุลาคม ๒๕๔๒ - ๙ ตุลาคม ๒๕๔๔ (๓) นางกัญญา อัศวโกวิทกรณ์ ดำรงตำแหน่งตั้งวันที่ ๑๐ ตุลาคม ๒๕๔๔ - ๑๐ ตุลาคม ๒๕๔๕

ต่อมาปลายปี พ.ศ. ๒๕๔๕ ได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็นสำนักงานสรรพากรพื้นที่สงขลา ๒ จนถึงปัจจุบัน