เจ้าพนักงานของจำเลยที่ 1 ได้ประเมินรายได้ของโจทก์เพิ่มขึ้นจากกรณีโจทก์นำเข้าฝ้ายแทนบริษัท บ. และกรณีโจทก์มีสินค้าขาดจากรายงานสินค้าและวัตถุดิบแล้ว ยังประเมินจากกรณีโจทก์มีกำไรจากอัตราแลกเปลี่ยนเงินตราต่างประเทศที่โจทก์ลงทุนในบริษัท บ. กรณีโจทก์ได้รับเงินค่า Management Fee จากบริษัท อ. และกรณีได้รับค่านายหน้าจากการขาย Bed Sheet แล้วไม่ลงบัญชีในส่วนของรายจ่ายต้องห้าม นอกจากจะประเมินจากค่าสวัสดิการทองคำและเครื่องแบบของพนักงานแล้ว ยังประเมินจากกรณีค่าชดเชยไฟฟ้าบันทึกบัญชีรายได้ด้านเดบิทโดยไม่มีหลักฐาน กรณีค่าปรับและเงินเพิ่มภาษีมูลค่าเพิ่ม กรณีโบนัสค้างจ่าย ในปี 2534 บันทึกบัญชีไว้ต่ำไป กรณีค่าเช่าที่ดินเดือนมกราคม 2532 ถึงวันที่ 14 กันยายน 2534 กรณีค่าตรวจสอบบัญชีปี 2534 กรณีค่าภาษีโรงเรือนและที่ดินบันทึกบัญชีสูงไป กรณียอดซื้อตามบัญชีสูงกว่าหลักฐานและกรณีดอกเบี้ยจ่ายด้วย แม้ประเด็นตามการประเมินในส่วนนี้โจทก์จะยอมรับผิดด้วยดีโดยไม่ยกขึ้นอุทธรณ์คัดค้านต่อคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ แต่ก็แสดงให้เห็นถึงความบกพร่องผิดพลาดในการจัดทำบัญชีและการเสียภาษีอากรของโจทก์ ทั้งที่โจทก์ประกอบกิจการมาเป็นเวลานานโดยจดทะเบียนบริษัทตั้งแต่ปี 2493 การที่คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์เห็นว่าโจทก์ไม่มีเจตนาหลีกเลี่ยงภาษีอากร และได้ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี จึงวินิจฉัยลดเบี้ยปรับให้คงเรียกเก็บร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย นับว่าเป็นคุณแก่โจทก์มากแล้ว กรณีไม่มีเหตุอันสมควรจะงดหรือลดเบี้ยปรับภาษีเงินได้นิติบุคคลให้โจทก์อีก อุทธรณ์ของโจทก์ฟังไม่ขึ้น
คดีนี้ศาลภาษีอากรกลางมีคำสั่งงดสืบพยานโจทก์และจำเลยเนื่องจากเห็นว่าตามเอกสารได้ระบุ ไว้แล้วว่าโจทก์ได้ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี โดยเอกสารดังกล่าวเป็นรายงานการประชุมของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ซึ่งจำเลยทั้งสี่ระบุอ้างเป็นพยานและนำส่งต่อศาลเอง ทั้งโจทก์ได้กล่าวอ้างข้อเท็จจริงส่วนนี้ไว้ในคำฟ้อง และตามคำให้การของจำเลยก็ยอมรับข้อเท็จจริงดังกล่าว ศาลภาษีอากรกลางจึงชอบที่จะรับฟังข้อเท็จจริงที่ว่าโจทก์ไม่มีเจตนาหลีกเลี่ยงภาษีและได้ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดีมาประกอบการพิจารณาในประเด็นนี้ได้ และเมื่อพิจารณาถึงมูลเหตุที่โจทก์ถูกประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเกิดจากการที่โจทก์ไม่จัดทำใบกำกับภาษีและส่งมอบให้แก่ผู้ซื้อสินค้าในทันทีที่รับความผิดในการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเกิดขึ้น แต่ได้ออกใบกำกับภาษีและนำส่งภาษีในเดือนถัดไปโดยไม่ปรากฏว่ามีเหตุผลใด ที่ทำให้โจทก์เข้าใจว่าสามารถออกใบกำกับภาษีและนำส่งภาษีในเดือนถัดไปได้ การที่คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์วินิจฉัยให้ลดเบี้ยปรับภาษีมูลค่าเพิ่มแก่โจทก์คงเหลือเรียกเก็บเพียงร้อยละ 40 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย เนื่องจากเห็นว่าโจทก์ไม่มีเจตนาหลีกเลี่ยงภาษีอากรและได้ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี ประกอบกับการกระทำความผิดในการเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเกิดขึ้นภายใน 1 ปี นับแต่วันที่โจทก์เป็นผู้ประกอบการจดทะเบียน นับว่าเป็นการใช้ดุลยพินิจที่เหมาะสมและเป็นคุณแก่โจทก์แล้ว ส่วนกรณีศาลภาษีอากรกลาง นำข้อเท็จจริงที่ว่าในชั้นพิจาณาของศาล โจทก์ก็สำนึกผิดไม่ติดใจดำเนินคดีต่อไป คงขอให้ศาลงดหรือลดเบี้ยปรับและเงินเพิ่มแก่โจทก์สถานเดียวซึ่งเป็นเหตุอันควรปรานีมาใช้เป็นเหตุผลประกอบการพิจารณางดหรือลดเบี้ยปรับให้แก่โจทก์ด้วยนั้น เห็นว่า ไม่ว่าการใช้เหตุผลของศาลภาษีอากรกลางจะมีกฎหมายรองรับหรือไม่ก็ตาม ก็ไม่เป็นเหตุเพียงพอที่จะงดเบี้ยปรับแก่โจทก์ ที่ศาลภาษีอากรกลางพิพากษาให้งดเบี้ยปรับภาษีมูลค่าเพิ่มแก่โจทก์นั้นไม่ต้องด้วยความเห็นของศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากร อุทธรณ์ของจำเลยทั้งสี่ฟังขึ้น