โจทก์ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลทั้งในและนอกราชอาณาจักรแต่ในเดือนภาษีพิพาทโจทก์ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างเมืองท่าต่าง ๆ ที่อยู่นอกราชอาณาจักร ยกเว้นเดือนภาษีมกราคม 2548 โจทก์มีเส้นทางเดินเรือเข้ามาในราชอาณาจักร จากข้อเท็จจริงดังกล่าวแสดงว่าการดำเนินธุรกิจของโจทก์ที่ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งโดยเรือเดินทะเลมีการประกอบกิจการหลายกิจการ มีทั้งกิจการให้บริการการขนส่งสินค้าระหว่าง ในราชอาณาจักรกับนอกราชอาณาจักร และระหว่างนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งกับนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง เมื่อตามประมวลรัษฎากรไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “การขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้าง กรณีจึงต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากรที่บัญญัติว่า
“การกระทำกิจการดังต่อไปนี้ในราชอาณาจักร ให้อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดนี้
(1) การขายสินค้าหรือการให้บริการโดยผู้ประกอบการ
(2) การนำเข้าสินค้าโดยผู้นำเข้า
การให้บริการในราชอาณาจักรให้หมายถึง บริการที่ทำในราชอาณาจักรโดยไม่คำนึงว่าการใช้บริการนั้นจะอยู่ในต่างประเทศหรือในราชอาณาจักร
การให้บริการที่ทำในต่างประเทศและได้มีการใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ให้ถือว่าการให้บริการนั้นเป็นการให้บริการในราชอาณาจักร”
ดังนั้น การขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม จึงหมายถึง กิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ส่วนการพิจารณาว่า กิจการส่วนใดของโจทก์อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มต้องแยกพิจารณาเป็นรายกิจการ หาใช่หมายความว่าเมื่อกิจการของโจทก์เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งแล้วจะถือเป็นกิจการที่ทำในราชอาณาจักรและอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดดังที่โจทก์อุทธรณ์สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างในราชอาณาจักรกับนอกราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้านอกราชอาณาจักรระหว่างประเทศหนึ่งกับอีกประเทศหนึ่ง มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่ามีการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรหรือไม่ก็ตาม แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร เมื่อไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทเกี่ยวข้องกับกิจการขนส่งระหว่างในราชอาณาจักรกับนอกราชอาณาจักรซึ่งอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนจึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บในแต่ละเดือนภาษีพิพาทดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร การที่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทแสดงไว้คลาดเคลื่อนไป จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย ดังนั้น การที่เจ้าพนักงานประเมินทำการประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว