โจทก์ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลทั้งในและนอกราชอาณาจักร โดยให้บริการขนส่งสินค้าออกนอกราชอาณาจักร ขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร และขนสินค้าระหว่างเมืองท่าต่าง ๆ ที่อยู่นอกราชอาณาจักรและในเดือนภาษีที่พิพาทโจทก์ให้บริการรับขนสินค้าอยู่นอกราชอาณาจักร ถือว่าการดำเนินธุรกิจของโจทก์ที่ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลมีการประกอบกิจการหลายกิจการ มีทั้งให้บริการการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปยังนอกราชอาณาจักร จากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร และจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง แม้ตามประมวลรัษฎากรจะไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “การขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้างก็ตาม แต่บทบัญญัติในมาตราดังกล่าวก็ต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ที่บัญญัติว่า
“การกระทำกิจการดังต่อไปนี้ในราชอาณาจักร ให้อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดนี้
(1) การขายสินค้าหรือการให้บริการโดยผู้ประกอบการ
(2) การนำเข้าสินค้าโดยผู้นำเข้า
การให้บริการในราชอาณาจักรให้หมายถึง บริการที่ทำในราชอาณาจักรโดยไม่คำนึงว่าการใช้บริการนั้นจะอยู่ในต่างประเทศหรือในราชอาณาจักร
การให้บริการที่ทำในต่างประเทศและได้มีการใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ให้ถือว่า
การให้บริการนั้นเป็นการให้บริการในราชอาณาจักร”
ดังนั้น การขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้นจึงหมายถึง กิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรเท่านั้น การพิจารณาว่า กิจการส่วนใดของโจทก์อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจึงต้องแยกพิจารณาเป็นรายกิจการ หาใช่หมายความว่าเมื่อกิจการของโจทก์เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งแล้วจะถือเป็นกิจการที่ทำในราชอาณาจักรและอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดตามที่โจทก์อุทธรณ์ สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปยังนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้น ในราชอาณาจักรจึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มแม้เรืออาจจะไม่ได้เข้ามาในราชอาณาจักรในเดือนภาษีนั้นก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่งนั้น มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอุทธรณ์ว่ามีการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักร แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำการขนส่งสินค้า หรือได้ใช้บริการขนส่งสินค้านั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ ประกอบกับไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อพิพาทเกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของโจทก์ในส่วนกิจการขนส่งจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรซึ่งอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอย่างไรโจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนจึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บในแต่ละเดือนภาษีพิพาทดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร เมื่อโจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว
ส่วนที่โจทก์อุทธรณ์ขอให้ลดเบี้ยปรับซึ่งเป็นปัญหาข้อเท็จจริงนั้น สำหรับเดือนภาษีธันวาคม 2546 และเดือนภาษีตุลาคม 2547 มีทุนทรัพย์พิพาทไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้ สำหรับเดือนภาษีพฤษภาคม 2547 นั้น เห็นว่า โจทก์ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี จึงเห็นควรลดเบี้ยปรับให้เรียกเก็บเพียงร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย