โจทก์ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลทั้งในและนอกราชอาณาจักร โดยให้บริการขนส่งสินค้าออกนอกราชอาณาจักร ขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร และขนสินค้าระหว่างเมืองท่าต่าง ๆ ที่อยู่นอกราชอาณาจักรถือว่าการดำเนินธุรกิจของโจทก์มีการประกอบกิจการหลายกิจการแม้ตามประมวลรัษฎากรจะไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “การขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้างก็ตาม แต่บทบัญญัติในมาตราดังกล่าวก็ต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ดังนั้น การขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจึงหมายถึงกิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรตามมาตรา 77/2 วรรคสองและวรรคท้าย แห่งประมวลรัษฎากร สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่งมีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่ามีการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรหรือไม่ก็ตาม แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้าเมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ เมื่อไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อพิพาทเกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร หรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอย่างไร โจทก์จึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มได้ กรณีของโจทก์ที่นำภาษีซื้อจำนวนดังกล่าวมาแสดงไว้ในแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่ม จึงเป็นการยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มโดยนำภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร มาคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มไว้ เป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องเสียเบี้ยปรับอีกหนึ่งเท่าของจำนวนภาษีซื้อที่แสดงไว้เกินไป การที่เจ้าพนักงานประเมินให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับ ตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว
ส่วนปัญหาตามอุทธรณ์ของจำเลยทั้งสี่ว่า มีเหตุงดเบี้ยปรับทั้งหมดแก่โจทก์หรือไม่ เป็นการโต้แย้งดุลพินิจในการรับฟังพยานหลักฐานของศาลภาษีอากรกลางจึงเป็นการอุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริงเมื่อปรากฏว่า สำหรับเดือนภาษีพฤศจิกายน 2547 มีทุนทรัพย์พิพาทไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัย สำหรับเดือนภาษีกุมภาพันธ์ 2547 นั้น เห็นว่า การกระทำของโจทก์อาจทำให้รัฐเสียหาย แต่เมื่อโจทก์ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี จึงเห็นควรกำหนดเบี้ยปรับให้เรียกเก็บร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย