อุทธรณ์ของจำเลยเป็นการโต้แย้งดุลพินิจของศาลภาษีอากรกลาง ในการวินิจฉัยเรื่องเหตุอันควรงดเบี้ยปรับให้แก่โจทก์ว่ามีความเหมาะสมเพียงใด จึงเป็นการอุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง เมื่อคดีนี้จำเลยมีหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มแก่โจทก์สำหรับแต่ละเดือนภาษีพิพาทรวม 5 ฉบับ การพิจารณาทุนทรัพย์ที่พิพาทจึงต้องพิจารณาตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มที่ประเมินในแต่ละเดือนภาษี ถือว่า แต่ละเดือนภาษีพิพาทเป็น 1 ข้อหา แยกออกจากกันได้ เมื่อเดือนภาษีพฤศจิกายน 2547 ถึงเดือนภาษีกุมภาพันธ์ 2548 มีทุนทรัพย์ที่พิพาทแต่ละเดือนภาษีไม่เกิน 50,000.-บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริงตามมาตรา 25 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 ในส่วนนี้ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยอุทธรณ์ของจำเลย
โจทก์ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลทั้งในและนอกราชอาณาจักร มีทั้งให้บริการการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปยังนอกราชอาณาจักร จากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร และจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง แม้ตามประมวลรัษฎากรจะไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “การให้บริการขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้างก็ตาม แต่บทบัญญัติในมาตราดังกล่าวก็ต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ที่บัญญัติว่า
“การกระทำกิจการดังต่อไปนี้ในราชอาณาจักร ให้อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดนี้
(1) การขายสินค้าหรือการให้บริการโดยผู้ประกอบการ
(2) การนำเข้าสินค้าโดยผู้นำเข้า
การให้บริการในราชอาณาจักรให้หมายถึง บริการที่ทำในราชอาณาจักรโดยไม่คำนึงว่าการใช้บริการนั้นจะอยู่ในต่างประเทศหรือในราชอาณาจักร
การให้บริการที่ทำในต่างประเทศและได้มีการใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ให้ถือว่าการให้บริการนั้นเป็นการให้บริการในราชอาณาจักร”
ดังนั้น การขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม จึงหมายถึงกิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร การพิจารณาว่า กิจการส่วนใดของโจทก์อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มต้องแยกพิจารณาเป็นรายกิจการ หาใช่ว่า เมื่อกิจการของโจทก์เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งแล้วจะถือเป็นกิจการที่ทำในราชอาณาจักรและอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดตามที่โจทก์ฟ้องไม่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปยังนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่งนั้นมีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะมีการทำธุรกรรมการประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรหรือไม่ก็ตาม แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำการขนส่งสินค้าหรือได้ใช้บริการขนสินค้านั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ เมื่อไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อพิพาทเกี่ยวข้องโดยตรงกับกิจการขนส่งจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ซึ่งอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอย่างไร โจทก์จึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บในแต่ละเดือนภาษีพิพาทดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร เมื่อโจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทแสดงไว้คลาดเคลื่อนไปซึ่งอาจทำให้รัฐเสียหาย จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยลดเบี้ยปรับให้คงเหลือเพียงร้อยละ 50 นับว่าเป็นคุณแก่โจทก์มากแล้ว