การประกอบกิจการให้บริการขนส่งระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลที่กระทำโดยผู้ประกอบการที่เป็นนิติบุคคลที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น หมายถึง กิจการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรตามมาตรา 77/2 วรรคสองและวรรคท้าย แห่งประมวลรัษฎากร สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปยังนอกราชอาณาจักร และในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่ามีการทำธุรกรรม การประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรหรือไม่ก็ตาม แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์ คือการให้บริการรับขนสินค้า เมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใด ได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดว่าด้วยภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีได้ เมื่อไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อดังกล่าวเกี่ยวข้องโดยตรงกับกิจการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร หรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม โจทก์จึงไม่อาจนำภาษีมูลค่าเพิ่มที่ถูกเรียกเก็บดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการ
ของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร
การที่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มโดยนำภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร มาคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องเสียเบี้ยปรับอีกหนึ่งเท่าของจำนวนภาษีซื้อที่แสดงไว้เกินไป การที่เจ้าพนักงานประเมินให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับ ตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว
ส่วนที่โจทก์อุทธรณ์ขอให้ลดเบี้ยปรับซึ่งเป็นปัญหาข้อเท็จจริงนั้น สำหรับเดือนภาษีพิพาทยกเว้นเดือนภาษีพฤษภาคม 2547 มีทุนทรัพย์ไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้ สำหรับเดือนภาษีพฤษภาคม 2547 นั้น เห็นว่าการกระทำของโจทก์อาจทำให้รัฐเสียหาย แต่เมื่อโจทก์ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี จึงเห็นควรลดเบี้ยปรับให้เรียกเก็บเพียงร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย