คดีนี้ในนัดชี้สองสถานวันที่ 18 มิถุนายน 2551 คู่ความทั้งสองฝ่ายแถลงรับข้อเท็จจริง และศาลภาษีอากรกลางเห็นว่า ข้อเท็จจริงตามฟ้องโจทก์ คำให้การของจำเลย และที่คู่ความทั้งสองฝ่ายแถลงรับกันเพียงพอที่วินิจฉัยคดีได้แล้ว จึงมีคำสั่งงดสืบพยาน คดีเป็นอันเสร็จการพิจารณา ให้นัดฟังคำพิพากษา ในวันที่ 31 กรกฎาคม 2551 ดังนี้ คำสั่งงดสืบพยานของศาลภาษีอากรกลางในวันนัดชี้สองสถานก่อนนัดฟังคำพิพากษาดังกล่าวจึงเป็นคำสั่งระหว่างพิจารณา ซึ่งหากโจทก์เห็นว่า การใช้ดุลพินิจงดสืบพยานไม่เป็นธรรมแก่โจทก์ เนื่องจากเป็นการตัดโอกาสโจทก์ในการนำเสนอข้อเท็จจริงก็ต้องโต้แย้งคำสั่งงดสืบพยานดังกล่าวไว้ มิฉะนั้น ต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ตามมาตรา 29 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ. 2528 ประกอบมาตรา 226 (2) แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง และเมื่อนับแต่วันที่ศาลภาษีอากรกลางมีคำสั่งดังกล่าวจนถึงวันที่ศาลภาษีอากรกลางอ่านคำพิพากษาเป็นเวลาถึง 1 เดือนเศษโจทก์ย่อมมีเวลาเพียงพอที่จะโต้แย้งคำสั่งนั้นได้ แต่มิได้โต้แย้งไว้ โจทก์จึงไม่มีสิทธิอุทธรณ์คำสั่งดังกล่าว
ตามหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาททั้ง 5 ฉบับ ระบุว่า เจ้าพนักงานของจำเลยได้แจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มละเบี้ยปรับสำหรับเดือนภาษีพิพาทโดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 88 มาตรา 88/2 มาตรา 88/5 และมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร อันเป็นการระบุถึงข้อกฎหมายที่อ้างอิงแล้ว นอกจากนี้ในใบแนบหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มซึ่งอยู่ท้ายหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาททั้ง 5 ฉบับ ยังได้ระบุว่า จากการตรวจปฏิบัติการภาษีมูลค่าเพิ่มปรากฏว่า โจทก์ประกอบกิจการให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลชื่อว่า “ทอร์ นอติก้า” ในเดือนที่ตรวจปฏิบัติการเรือเดินทะเลให้บริการนอกราชอาณาจักรซึ่งฐานภาษีไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม ภาษีซื้อที่โจทก์แสดงไว้ในแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่ม (ภ.พ.30) เป็นภาษีซื้อต้องห้ามตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร อันเป็นการระบุถึงข้อเท็จจริงอันเป็นสาระสำคัญทั้งข้อพิจารณาและข้อสนับสนุนการใช้ดุลพินิจในการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มและเบี้ยปรับสำหรับเดือนภาษีพิพาทแล้ว ถือว่าหนังสือแจ้งการประเมินภาษีมูลค่าเพิ่มเดือนภาษีพิพาทเป็นคำสั่งทางปกครองที่จัดให้มีเหตุผลชอบด้วยมาตรา 37 วรรคหนึ่ง แห่งพระราชบัญญัติ
วิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ. 2539
กิจการของโจทก์เป็นการให้บริการขนส่งระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลโดยให้บริการรับขนส่งสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ออกนอกราชอาณาจักร และระหว่างเมืองท่าต่าง ๆ นอกราชอาณาจักร ดังนั้น เมื่อการดำเนินธุรกิจของโจทก์ที่ให้บริการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศโดยเรือเดินทะเลมีการประกอบกิจการหลายกิจการ มีทั้งให้บริการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักร จากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร และจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่งแม้ตามประมวลรัษฎากรจะไม่ได้ให้ความหมายไว้ว่า “การขนส่งระหว่างประเทศ” ที่ให้ผู้ประกอบการนิติบุคคลใช้อัตราภาษีร้อยละ 0 ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 80/1 (3) แห่งประมวลรัษฎากร หมายถึงกิจการในลักษณะใดบ้างก็ตาม แต่บทบัญญัติในมาตราดังกล่าวก็ต้องอยู่ภายใต้บังคับของมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ที่บัญญัติว่า
“การกระทำกิจการดังต่อไปนี้ในราชอาณาจักร ให้อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวดนี้
(1) การขายสินค้าหรือการให้บริการโดยผู้ประกอบการ
(2) การนำเข้าสินค้าโดยผู้นำเข้า
การให้บริการในราชอาณาจักรให้หมายถึง บริการที่ทำในราชอาณาจักรโดยไม่คำนึงว่าการใช้บริการนั้นจะอยู่ในต่างประเทศหรือในราชอาณาจักร
การให้บริการที่ทำในต่างประเทศและได้มีการใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร ให้ถือว่าการให้บริการนั้นเป็นการให้บริการในราชอาณาจักร”
ดังนั้นการขนส่งระหว่างประเทศที่จะอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มหมายถึงการขนส่งที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักรการพิจารณาว่ากิจการส่วนใดของโจทก์อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มจึงต้องแยกพิจารณาเป็นรายกิจการหาใช่ว่าเมื่อกิจการของโจทก์เป็นการขนส่งสินค้าระหว่างประเทศจากประเทศหนึ่งไปยังอีกประเทศหนึ่งจะถือเป็นกิจการที่ทำในราชอาณาจักรและอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งหมดตามที่โจทก์อุทธรณ์ไม่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรและในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่บางส่วนได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงอยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม แม้เรือจะอยู่นอกราชอาณาจักรในเดือนภาษีพิพาทก็ตาม แต่สำหรับกิจการของโจทก์ในส่วนที่เป็นการขนส่งสินค้าจากนอกราชอาณาจักรแห่งหนึ่งไปยังนอกราชอาณาจักรอีกแห่งหนึ่ง มีลักษณะเป็นการรับขนสินค้านอกราชอาณาจักรทั้งสิ้น แม้โจทก์จะอ้างว่า มีการทำธุรกรรมการประสานงานหรือการติดต่อลูกค้าในราชอาณาจักรหรือไม่ก็ตาม แต่ลักษณะสำคัญของการให้บริการโดยตรงของโจทก์คือการให้บริการรับขนสินค้าเมื่อการทำงานในส่วนนี้มิใช่เป็นการรับขนสินค้าออกนอกราชอาณาจักรหรือรับขนสินค้าเข้ามาในราชอาณาจักร ถือว่าเป็นกิจการที่ไม่มีส่วนใดได้ทำหรือได้ใช้บริการนั้นในราชอาณาจักร จึงไม่อยู่ในบังคับที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามบทบัญญัติในหมวด 4 ภาษีมูลค่าเพิ่ม ส่วนที่ 1 ข้อความทั่วไป ตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร ภาษีซื้อที่เกี่ยวกับกิจการในส่วนนี้ย่อมไม่อาจนำมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ ดังนั้น เมื่อไม่ปรากฏว่า ภาษีซื้อในเดือนพิพาทเกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของโจทก์ในส่วนกิจการขนส่งสินค้าจากในราชอาณาจักรออกไปนอกราชอาณาจักรหรือจากนอกราชอาณาจักรเข้ามาในราชอาณาจักรซึ่งอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มอย่างไรโจทก์ซึ่งเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนจึงไม่อาจนำภาษีซื้อที่ถูกเรียกเก็บในแต่ละเดือนภาษีพิพาทดังกล่าวมาหักในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มในกิจการนี้ได้ เนื่องจากเป็นภาษีซื้อที่ไม่เกี่ยวข้องโดยตรงกับการประกอบกิจการของผู้ประกอบการภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 82/5 (3) แห่งประมวลรัษฎากร การที่โจทก์ผู้ประกอบการจดทะเบียนได้ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่มเป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมายการที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว