ในระหว่างพิจารณาคดีโจทก์ได้สละประเด็นที่ว่า โจทก์มีสิทธินำภาษีซื้อสำหรับเดือนภาษีพิพาทมาใช้ในการคำนวณภาษีมูลค่าเพิ่มได้หรือไม่แล้ว จึงไม่มีประเด็นพิพาทแห่งคดีอีกต่อไป ปัญหาดังกล่าวจึงเป็นข้อที่ไม่ได้ยกขึ้นว่ากล่าวกันมาโดยชอบในศาลภาษีอากรกลางตามมาตรา 29 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ.2528 ประกอบมาตรา 225 แห่งประมวลกฎหมาย วิธีพิจารณาความแพ่ง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัย
การที่โจทก์ยื่นแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นเหตุให้จำนวนภาษีซื้อในเดือนภาษีพิพาทที่แสดงไว้คลาดเคลื่อนไป โจทก์จึงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามกฎหมาย การที่เจ้าพนักงานประเมินและคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์มีคำวินิจฉัยให้โจทก์ชำระเบี้ยปรับตามมาตรา 89 (4) แห่งประมวลรัษฎากร จึงชอบแล้ว
ส่วนที่โจทก์อุทธรณ์ขอให้ลดเบี้ยปรับซึ่งเป็นปัญหาข้อเท็จจริงนั้น สำหรับเดือนภาษีกันยายน 2547 เดือนภาษีพฤศจิกายน 2547 และเดือนภาษีธันวาคม 2547 มีทุนทรัพย์พิพาทไม่เกิน 50,000.- บาท จึงต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ในปัญหาข้อเท็จจริง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัยให้ สำหรับเดือนภาษีตุลาคม 2547 และเดือนภาษีมกราคม 2548 นั้น เห็นว่า แม้การกระทำของโจทก์อาจทำให้รัฐเสียหายแต่เมื่อโจทก์ให้ความร่วมมือในการตรวจสอบด้วยดี จึงเห็นควรลดเบี้ยปรับให้เรียกเก็บเพียงร้อยละ 50 ของเบี้ยปรับตามกฎหมาย