ข้อเท็จจริงฟังได้ว่า ในเดือนภาษีมกราคม 2540 โจทก์มียอดขาย 24,934,390.01 บาทและยอดซื้อ 17,624,945.39 บาท ตามที่แสดงในแบบแสดงรายการภาษีมูลค่าเพิ่ม (ภ.พ.30) เมื่อคำนวณแล้ว โจทก์มีภาษีที่ต้องชำระเพิ่ม 511,661.12 บาท มิใช่มีภาษีที่ชำระเกินยกไปจำนวน 511,661.89 บาท ดังที่โจทก์อ้าง การประเมินของเจ้าพนักงานประเมินและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ ในส่วนนี้จึงชอบแล้ว แต่ที่เจ้าพนักงานประเมินประเมินให้โจทก์ชำระภาษีเพิ่มเติม 1,023,323.01 บาท และเงินเพิ่ม 752,142.40 บาท นั้น ศาลเห็นว่า ในเดือนภาษีมกราคม 2540 โจทก์มีภาษีชำระเกินยกมา 3,009,253.77 บาท ซึ่งตามมาตรา 82/3 วรรคสาม แห่งประมวลรัษฎากร ให้สิทธิโจทก์นำไปชำระภาษีในเดือนถัด ๆไปได้ จนกว่าจะหมด การที่เจ้าพนักงานประเมินนำภาษีที่ต้องชำระเดือนนี้ 511,661.12 บาท หักออกจากภาษีชำระเกินยกมาแล้ว โดยโจทก์แสดงรายการภาษีสุทธิชำระเกิน 3,520,915.66 บาท แต่เจ้าพนักงานประเมินได้แก้ไขภาษีสุทธิที่ชำระเกินคงเหลือ 2,497,253.77 บาท (ที่ถูก 2,497,592.65 บาท) เป็นการนำภาษีที่โจทก์ต้องชำระเพิ่มมาหักออกจากภาษีที่ชำระเกินยกมาแล้วยังมีภาษีที่ชำระเกินยกไปใช้ในเดือนถัดไป ดังนั้นโจทก์จึงไม่ต้องรับผิดชำระภาษีเพิ่มเติมและเงินเพิ่มคงต้องรับผิดชำระเบี้ยปรับตามการประเมินเท่านั้นการประเมินของเจ้าพนักงานประเมินและคำวินิจฉัยอุทธรณ์ของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ในส่วนนี้ไม่ชอบด้วยกฎหมาย ที่ศาลภาษีอากรกลางวินิจฉัยมาไม่ต้องด้วยความเห็นของศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากร อุทธรณ์ของจำเลยฟังขึ้นบางส่วน สำหรับประเด็นตามคำแก้อุทธรณ์ของโจทก์ที่ว่า คำวินิจฉัยอุทธรณ์ของคณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ไม่ชอบด้วยมาตรา 39 แห่งพระราชบัญญัติวิธีปฏิบัติราชการทางปกครอง พ.ศ.2539 นั้น ศาลเห็นว่า โจทก์ไม่ได้กล่าวเป็นประเด็นไว้ในคำฟ้อง ปัญหาดังกล่าวจึงเป็นข้อที่มิได้ยกขึ้นว่ากล่าวกันมาแล้วโดยชอบในศาลภาษีอากรกลาง ต้องห้ามมิให้อุทธรณ์ตามมาตรา 29 แห่งพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลภาษีอากรและวิธีพิจารณาคดีภาษีอากร พ.ศ.2528 ประกอบมาตรา 225 วรรคหนึ่ง แห่งประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความแพ่ง ศาลฎีกาแผนกคดีภาษีอากรไม่รับวินิจฉัย