2. แต่เนื่องจากการเรียกเก็บภาษีสรรพสามิตตามพระราชกำหนดฯ ทำให้เกิดผลกระทบกับผลตอบแทนตามสัญญาร่วมการงานและร่วมลงทุนระหว่างบริษัทคู่สัญญาภาครัฐและภาคเอกชน กล่าวคือบริษัทคู่สัญญาภาคเอกชนจะได้รับผลตอบแทนที่น้อยลงเพราะมีหน้าที่ต้องชำระภาษีสรรพสามิตในฐานะเป็นผู้ประกอบการ จึงถือเป็นภาระเพิ่มขึ้นโดยไม่สามารถคาดการณ์ได้ และเพื่อให้บริษัทคู่สัญญาภาคเอกชนได้รับค่าตอบแทนเท่าเดิมตามที่ได้ตกลงไว้ในสัญญา คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้นำเงินส่วนของบริษัทฯ มาจ่ายชดเชยค่าภาษีสรรพสามิตให้แก่บริษัทคู่สัญญาภาคเอกชนเพื่อให้บริษัทคู่สัญญาภาคเอกชนได้รับค่าตอบแทนเท่าเดิมตามสัญญาร่วมการงานและร่วมลงทุนดังกล่าว

          1. ภาษีเงินได้นิติบุคคล เงินชดเชยค่าภาษีสรรพสามิตที่บริษัทคู่สัญญาภาคเอกชนได้รับถือเป็นรายได้จากกิจการหรือเนื่องจากกิจการที่กระทำในรอบระยะเวลาบัญชี บริษัทคู่สัญญาภาคเอกชนจึงต้องนำรายได้ดังกล่าวไปรวมคำนวณกำไรสุทธิเพื่อเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลในรอบระยะเวลาบัญชีที่ได้รับ ตามมาตรา 65 แห่งประมวลรัษฎากร และเงินชดเชยค่าภาษีสรรพสามิต บริษัทฯ ได้จ่ายไปจริงย่อมเข้าลักษณะเป็นรายจ่ายเพื่อกิจการของบริษัทฯ โดยเฉพาะ บริษัทฯ จึงถือเป็นรายจ่ายในการคำนวณภาษีเงินได้นิติบุคคลในรอบระยะเวลาบัญชีได้ ไม่ต้องห้ามตามมาตรา 65 ตรี (13) แห่งประมวลรัษฎากร

          2. ภาษีเงินได้หัก ณ ที่จ่าย เงินชดเชยค่าภาษีสรรพสามิตที่บริษัทฯ ได้จ่ายไป

ดังกล่าวเข้าลักษณะเป็นค่าตอบแทนจากการให้บริการตามมาตรา 40(8) แห่งประมวลรัษฎากร บริษัทฯ จึง

มีหน้าที่ต้องหักภาษีเงินได้ ณ ที่จ่ายทุกคราวที่จ่ายในอัตราร้อยละ 3.0 ตามข้อ 12/1 ของคำสั่ง

กรมสรรพากร ที่ ท.ป.4/2528ฯ ลงวันที่ 26 กันยายน พ.ศ. 2528 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยคำสั่งกรมสรรพากร

ที่ ท.ป.104/2544ฯ ลงวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2544

          3. ภาษีมูลค่าเพิ่ม เงินชดเชยค่าภาษีสรรพสามิตดังกล่าวเข้าลักษณะเป็นฐานภาษีสำหรับการให้บริการ ซึ่งได้แก่มูลค่าทั้งหมดที่ผู้ประกอบการได้รับหรือพึงได้รับจากการให้บริการ รวมทั้งภาษีสรรพสามิตด้วย ตามมาตรา 79 แห่งประมวลรัษฎากร การให้บริการดังกล่าวจึงอยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2(1) แห่งประมวลรัษฎากร ในอัตราร้อยละ 7.0 ตามมาตรา 80(2) แห่งประมวลรัษฎากร